La magnetoterapia de alta y baja frecuencia funcionan debido a que en nuestro organismo hay una gran cantidad de iones libres e incluso moléculas equilibradas eléctricamente como el agua que funcionan como dipolos debido a la orientación de sus cargas, cuando se someten a la influencia de un campo magnético al que se dota de una frecuencia en función de la patología a tratar, se aporta un incremento del movimiento a estas substancias por efecto de encontrarse en medio de un campo magnético oscilante y ser repelidas o atraídas en función de su carga, el efecto no es tan intenso como para proporcionar calor que debamos valorar como un elemento más de la ecuación terapéutica, aunque en algunos casos los pacientes lleguen a percibirlo, este movimiento extra acelera los procesos químicos en el organismo, favorece la acción de la bomba sodio potasio y ayuda a regular los intercambios en un tejido en que estos se veían disminuidos por la acción de una patología crónica o inflamatoria.

La magnetoterapia actuará también sobre el tejido óseo, la linfa, los músculos, en todos estos casos va a acelerar el trofismo y favorecer los procesos de rehabilitación.